Химиотерапия — лечение от какого-либо инфекционного, паразитарного или злокачественного заболевания с помощью ядов или токсинов, губительно воздействующих на инфекционный агент — возбудитель заболевания, на паразитов или на клетки злокачественных опухолей при сравнительно меньшем отрицательном воздействии на организм хозяина. Яд или токсин при этом называется химиопрепаратом, или химиотерапевтическим агентом.

В отличие от фармакотерапии, в которой имеется всего два участника — фармакологический агент (лекарство) и подвергаемый его воздействию организм, в процессе химиотерапии имеется три участника — химиотерапевтический агент, организм хозяина и подлежащий убиению паразит, инфекционный агент или клон злокачественных опухолевых клеток.

Отличаются и цели: целью фармакотерапии является коррекция тех или иных нарушений жизнедеятельности организма, восстановление или улучшение функций пораженных заболеванием органов и систем. Целью же химиотерапии является уничтожение, убийство или, по крайней мере, торможение размножения паразитов, инфекционных агентов или злокачественных клеток, по возможности с меньшим повреждающем действии на организм хозяина. Нормализация жизнедеятельности и улучшение функций поражённых органов и систем при этом достигаются вторично, как следствие уничтожения или ослабления причины, вызвавшей заболевание — инфекции, опухоли  или паразитарной инвазии.

В соответствии с тем, на уничтожение чего направлена химиотерапия, выделяют:

• антибактериальную химиотерапию, или антибиотикотерапию;
• противогрибковую химиотерапию;
• противоопухолевую (Цитостати́ческую, или цитотоксическую) химиотерапию;
• противовирусную химиотерапию;
• противопаразитарную химиотерапию, в частности антигельминтную, противомалярийную и др.